Scarse notizie si hanno di come era la chiesa ai tempi del primo insediamento giovannita.  Nel periodo di massimo splendore si potevano contare nella chiesa di S. Giovanni ben cinque altari in pietra d’Istria con colonne di vari marmi. Gli altari avevano quadri di Giovanni Bellini, Palma il Giovane e altri artisti. V’era un pulpito, con un quadro di Antonio Aliense raffigurante Santa Caterina, Patrona dei Cavalieri della Lingua d’Italia.

Numerosi restauri alla chiesa ed al convento si succedettero nel volgere dei secoli. Nel XIV secolo fu effettuato un intervento di restauro ed ampliamento che probabilmente diede alla chiesa la volumetria attuale. Altri interventi al complesso furono fatti tra il 1678 e il 1681 su volontą del Priore Fra’ Guglielmo Balbiano e nel 1686 per volontą del   Priore Fra' Stefano Lomellini. Lavori importanti vennero poi compiuti intorno all’anno 1759 quand’era Ricevitore il Commendatore Fra’ Francesco Boccadiferro, pił tardi Priore. Due catastici cabrei del 1766 e del 1794, conservati nell’archivio, descrivono tutti i beni priorali e gli edifici quali erano in quel tempo, e li illustrano con disegni molto precisi.

Con la soppressione napoleonica fu spogliata dei suoi quadri e dei suoi altari e destinata a magazzino di barche.

Dopo la restaurazione austriaca venne completamente rinnovata; l'altar maggiore si potč ottenere dalla demolita Chiesa di S.Geminiano, opera del Sansovino.
La chiesa conserva ancor oggi la disposizione che ebbe nel 1843; nel 1957 il vecchio pavimento in laterizio fu rifatto con quadri di marmo bianco e rosso e una grande croce a otto punte ai piedi dei gradini dell'abside.
Il quadro di Giovanni Bellini raffigurante il Battesimo di Gesł orna ancora, gemma preziosa, una parete dell'abside.

Si ritiene che il Cavaliere Gerosolimitano raffigurato in questo quadro sia il Priore Fra' Sebastiano Michiel, personaggio di spicco nella Venezia di quel tempo. Egli sarebbe ritratto anche in altri quadri di importanti artisti dell'epoca, quali la "Vocazione di Matteo" di Vettor Carpaccio nella Scuola di S.Giorgio degli Schiavoni (gią Ospedale dei Cavalieri Gerosolimitani nei secoli XIV e XV), la "Processione in piazza San Marco" e "Miracolo della Croce" di Gentile Bellini alle Gallerie dell'Accademia di Venezia.